General feature format

Le format d'élément général, general feature format (gene-finding format, generic feature format, GFF) est un format de fichier utilisé pour décrire les gènes et d'autres éléments de séquences d'ADN, d'ARN et de protéines. L'extension de fichier associée à de tels fichiers est .GFF et le type de contenu qui leur est associé est text/gff3 .

Il existe deux versions du format de fichier GFF généralement utilisées :

General Feature Format Version 2.2 en particulier dans sa variante GTF^[1]
Format d'entité générique version 3 (projet d'ontologie de séquence)^[2]

Les serveurs qui génèrent ce format:

Serveur	Exemple de fichier
UniProt	[1]

Les clients qui utilisent ce format:

Nom	Description	Liens
GBrowse	Navigateur de génome GMOD	GBrowse
IGB	Navigateur de génome intégré	Integrated Genome Browser [2]
Jalview	Un éditeur et un visualiseur d'alignement de séquences multiples	Jalview [3]
STRAP	Met en évidence les caractéristiques des séquence des alignements multiples.	Exemple de sortie: [4], [5]
JBrowse	JBrowse est un navigateur génomique rapide et intégrable construit entièrement en JavaScript et HTML5	JBrowse.org
ZENBU	Un système collaboratif d’intégration de données omiques et de visualisation interactive	[6]

↑ « GTF2.2 : A Gene Annotation Format », sur wustl.edu (consulté le 16 octobre 2023).
↑ (en) « Specifications/gff3.md at master · The-Sequence-Ontology/Specifications », sur GitHub (consulté le 16 octobre 2023).

[ref_auto_1-1] « GTF2.2 : A Gene Annotation Format », sur wustl.edu (consulté le 16 octobre 2023).

[ref_auto_2-2] (en) « Specifications/gff3.md at master · The-Sequence-Ontology/Specifications », sur GitHub (consulté le 16 octobre 2023).

[1]

[2]